Предыдущий начальник Валерий Гуков переведен на должность начальника Карельской таможни.
С 6 мая 2020 г. на должность начальника Новосибирской таможни назначен полковник таможенной службы Сергей Авдеев, с 2015 г. руководивший Хакасской таможней.
Сергей Авдеев родился 11 июля 1969 г. в Новосибирске. Окончил Московский государственный технический университет им. Баумана по специальности конструирование и технология радиоэлектронных средств, Сибирскую академию государственной службы по специальности финансы и кредит.
Службу в таможенных органах начал в сентябре 1993 г. в Новосибирской таможне с должности инспектора отдела технических средств таможенного контроля и связи. За время работы в таможне был заместителем начальника Новосибирского таможенного поста, начальником Калининского таможенного поста и более шести лет являлся первым заместителем начальника Новосибирской таможни по таможенному контролю.
Награжден медалями «За усердие», «За службу в таможенных органах» I, II и III степеней, нагрудным знаком «Отличник таможенной службы», медалью «Дмитрий Бибиков», благодарностями ФТС России.